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José Smith y los otros escaparon de su encarcelamiento y llegaron en Quincy en abril de 1839. Jose se puso a inmediatamente hacer los arreglos para que la iglesia constryera otra comunidad más. El compró la tierra a orillas del Río de Misisipí, tierra que era pantanosa y repleta de mosquitos infectados de malaria. Ellos drenaron la tierra y empezaron la construcción de la ciudad que ellos llamaron Nauvoo, "el lugar hermoso."
Aúnque
se estaba desarrollando una ciudad, el énfasis misional continuó.
Los miembros del Concilio de Doce, conocido como apóstoles,
viajaron a Australia, a Sudamérica, a Europa continental, y
a parte del Islas del Pacífico. Los que se convirtiertían
a menudo emigraban a Nauvoo, causando un aumento de la paoblación
de 5,000 habitantes en 1839 a más de 12,000 en 1846. Otras ideas comenzaron a desarrollarse por miembros de la iglesia y desde dentro de ella, enfocándose en el conocimiento "especial". Concilios y grupos secretos empezaron a formarse dento de iglesia y la comunidad. Doctrinas nuevas se empezaron a desarrollar, doctrinas que finalmente llevarían al desarrollo de rituales de templo. José Smith, públicamente denunció las nuevas doctrinas que se estaban esparciendo tales como la poligamia, tomando acciones severas en contra de aquellos que estaban proclamando tales falsas doctrinas. Grupos políticos se organizaron para peticionar la recuperación de pérdidas por las acciones de grupos que atacaban a los miembros de la Iglesia y para apoyar la decisión de José Smith de presentarse como candidato a la presidencia de los Estados Unidos. Mientras que algunas de estas actividades eran aceptables, otras fueron cuestionadas entre los miembros de iglesia. Un grupo que se oponía a algunas de estas acciones se juntó para publicar un periódico, El Nauvoo Expositor, dedicado a exponer las injusticias de algunos líderes de la iglesia. Sólo un número del períodico fue publicado, porque tres diás después, el ayuntamiento de Nauvoo publicó una ordenanza contra de éste, y la prensa se destruyó.
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José
y Hyrum Smith, junto con otros líderes de la iglesia, fueron
encarcelados en la Carthage, Illinois, para esperar las acusaciones
en su contra por la destrucción de la imprenta, puesto que
ellos eran los representantes de la iglesia y del municipio. Aunque
a ellos se le había prometido protección por el gobernador
de Illinois, una muchedumbre fue capaz de abrirse camino en la cárcel.
En el 27 de junio de 1844, los hermanos Smith fueron asesinados.